Bt菌は胞子を形成し、土壌や植物、海水など様々な場所から発見されます。しかし、近縁種のセレウス菌（Bc菌）と生息環境がほぼ同じで、また分離される２つの菌の割合はBt菌が１％以下です。Bc菌との判別は、主に光学顕微鏡でのBｔ菌の細胞内クリスタル（凝集体）形成を見極めるもので、1株ずつ検査するため多くの時間と労力が必要です。この問題を解決するために、生化学、遺伝子工学、物理化学的な手法を組み合わせることで、Bc菌とBt菌を一定レベルで判別する実験系を模索しています。これは今後の網羅的Bt菌毒素研究（後述）の基盤となる重要な解析技術です。